Reisaelva har i løpet av årtusener skåret seg ned i fjellvidda og dannet den langstrakte Reisadalen. Mektige fosser pryder dalsidene - Mollis er med sitt fall på 269 m særlig imponerende. Den mest naturlige atkomsten til nasjonalparken er å følge Reisaelva oppover til fots eller bli skysset med  elvebåt. I flomsonen langs elva står løvtrærne tett og danner en rik flommarksskog som frister med både villrips og åkerbær. I vierskogen lenger oppe i dalen er den vakre, blå lappflokken vanlig. Nord for Imo stiger fjellsidene bratt opp og former dalen til en stor canyon. I den mektige Imofossen styrter to elver utfor loddrette granittvegger og møtes i et trangt elvegjel med tallrike jettegryter.

I bergveggene langs Reisaelva kan du lese de siste 2 000 millioner års geologiske historie. Nederst ligger grunnfjellet med granitt og gneis. Oppå et 200 m tykt glidelag av sand og leire (dividalsgruppen) ble ulike bergarter skjøvet på plass for 400 millioner år siden. Ved Avvekløfta kan en tydelig se skillet mellom grunnfjellet, dividalsgruppen og dekkbergartene. Videre innover vidda endrer landskapet karakter og går over i vidstrakte fjellheier og myrer.

Stor variasjon i berggrunn og landskap er med og danner grunnlaget for et mangfold i flora og fauna. Både plante- og fuglelivet er blant de mest artsrike i Nord-Norge med innslag av flere østlige og nordlige arter. Bratte klippevegger og vanskelig tilgjengelige skogsområder og fjellvidder gir rovfugl gode livsbetingelser. Fjellvåken er mest tallrik, men for fjellvandrere med et våkent øye er også kongeørn, tårnfalk og jaktfalk et vanlig syn.

I nasjonalparken og fjella omkring er det bestander av både jerv, gaupe og fjellrev. Det samiske navnet Njállaávži betyr fjellrevkløfta og vitner om at fjellreven må ha vært her lenge. I vinterhalvåret livnærer fjellreven seg i stor grad på rester etter jervens måltider, fortrinnsvis reinkjøtt. Det største av våre rovdyr, brunbjørnen, sees år om annet i nasjonalparken. I nedre del av Reisa-vassdraget kan en fiske laks, sjøørret og sjørøye. Lenger opp kommer også abbor, lake og sik inn. I tillegg er det gjedde i Ráisjávri.